馬德里注冊(cè)的缺點(diǎn)：

1、注冊(cè)國(guó)家的局限性
    因?yàn)椤恶R德里協(xié)定》最先是由實(shí)施商標(biāo)注冊(cè)原則的國(guó)家提出的，所以，以取得所屬國(guó)國(guó)內(nèi)注冊(cè)作為申請(qǐng)國(guó)際注冊(cè)的先決條件，限制了一部分實(shí)施商標(biāo)使用原則的國(guó)家的積極性。
    馬德里聯(lián)盟成員國(guó)目前只有70多個(gè)國(guó)家，一些同我國(guó)貿(mào)易聯(lián)系密切的國(guó)家目前還不是成員國(guó)。我國(guó)企業(yè)無(wú)法通過(guò)馬德里國(guó)際注冊(cè)途徑在這些國(guó)家取得商標(biāo)注冊(cè)。
2、要求以國(guó)內(nèi)申請(qǐng)/注冊(cè)為基礎(chǔ)
    國(guó)際注冊(cè)必須以國(guó)內(nèi)商標(biāo)申請(qǐng)/注冊(cè)為基礎(chǔ)。在《馬德里協(xié)定》項(xiàng)下，申請(qǐng)必須基于相同商標(biāo)的國(guó)內(nèi)注冊(cè)（取得注冊(cè)證書(shū)）；在《馬德里議定書(shū)》項(xiàng)下，申請(qǐng)可以基于相同商標(biāo)的注冊(cè)申請(qǐng)（收到受理通知書(shū)即可），因此，在申請(qǐng)的時(shí)間上有一定的限制。
3、注冊(cè)效力的不穩(wěn)定性
    由于國(guó)際注冊(cè)要求以國(guó)內(nèi)申請(qǐng)/注冊(cè)/為基礎(chǔ)，五年后才能與原屬國(guó)的注冊(cè)脫鉤，因此一旦原屬國(guó)的注冊(cè)在五年內(nèi)被撤銷，國(guó)際注冊(cè)也隨之將被撤銷，這一情況被稱之為“中心打擊原則”。